В декабре 1941 года был призван в Красную Армию. Со 2 февраля 1942 года на фронте, 3 сентября 1943 года был ранен. В 1944 году гвардии старшина стрелковой роты 199-го гвардейского полка 67-й гвардейской стрелковой дивизии 6-й гвардейской армии 1-го Прибалтийского фронта Василий Жилин со своей ротой под артиллерийским огнём противника первым преодолел водный рубеж при форсировании Западной Двины. В донесении командир полка гвардии подполковник Дегтярёв писал: «В этом бою товарищ Жилин, будучи трижды ранен, продолжал оставаться в строю. Пять раз поднимал он бойцов в атаку, идя сам впереди с криками „Ура! За Родину!“ А когда кончились патроны, гранатами и прикладом уничтожил 30 гитлеровцев. В момент отражения одной из контратак, он поймал на лету брошенную немцем гранату и бросил её обратно. Разорвавшись, она уничтожила 5 гитлеровцев». За этот бой был представлен к званию Героя Советского Союза. После излечения вернулся в свою гвардейскую часть. В дальнейших боях был ещё дважды ранен: 11 августа 1944 и 11 ноября 1944 года.